כולל פורמלדהיד וגלוטרלדהיד. העיקרון של חיטוי כזה הוא שחומר אלקילציה פעיל פועל על קבוצות האמינו, הקרבוקסיל, ההידרוקסיל והסולפהידריל שבחלבון המיקרוביאלי, ובכך משמיד את מולקולות החלבון וגורם למות של המיקרואורגניזמים. גם פורמלדהיד וגם גלוטרלדהיד יכולים להרוג מיקרואורגניזמים שונים. מכיוון שיש להם השפעות מגרה וריפוי על עור האדם וריריות הריר, ויכולים לגרום לאנשים להיות רגישים, לא ניתן להשתמש בהם לחיטוי של אוויר, כלים וכו ', והם משמשים בדרך כלל רק בבתי חולים. יש לחטא או לעקר מכשירים רפואיים ויש לשטוף פריטים מחוטאים או מעוקרים במים סטריליים לפני השימוש.
